เอ็มมา ธอมป์สันกล่าวว่าการสิ้นสุดการแต่งงานของเธอกับสามี เคนเนธ บรานาห์นั้นทำให้เธอตกตะลึงเช่นเดียวกับที่เปิดเผยต่อสาธารณะ นางเอกดังใน The New ฉบับล่าสุด ชาวยอร์คบอกกับนิตยสารว่าเธอลืมไปว่าบรานาห์ไม่ซื่อสัตย์ในชุดภาพยนตร์ ซึ่งทำให้ทั้งคู่ต้องแยกทางกันในปี 1995
ทอมป์สันและบรานาห์แต่งงานกันในปี 1989 หลังจากพบกันที่งานฟอร์จูนส์ออฟวอร์ในปี 1987 และต่อมา costarred ในปี 1991 Dead Again ซึ่งกำกับโดย Branagh ในขณะที่คู่รักผู้มีอำนาจนำเสนอแนวร่วมอันเป็นอันหนึ่งอันเดียวกันต่อสื่อมวลชนและสาธารณชนในขณะที่พวกเขาร่วมมือกันสร้างภาพยนตร์หกเรื่องด้วยกัน ความสัมพันธ์ของทั้งคู่ก็จบลงหลังจากบรานาห์นอกใจทอมป์สันในขณะที่สร้างแฟรงเกนสไตน์ของแมรี เชลลีย์
บรานาห์ผู้กำกับภาพยนตร์เรื่องนี้ คบชู้กับนักแสดงสาว เฮเลนา บอนแฮม คาร์เตอร์ และคบหากับเธอเป็นเวลาห้าปี
ทอมป์สันบอกเดอะนิวยอร์กเกอร์ว่าเธอถูกจับได้ว่ารักในกองถ่ายของบรานาห์และบอนแฮม คาร์เตอร์ ทางออก “ฉันตาบอดอย่างสิ้นเชิงกับความจริงที่ว่าเขามีความสัมพันธ์กับผู้หญิงคนอื่นในกองถ่าย สิ่งที่ฉันได้เรียนรู้คือมันง่ายแค่ไหนที่จะทำให้คุณตาบอดโดยความปรารถนาที่จะหลอกตัวเอง”
หลังจากที่เธอแยกทางจากบรานาห์ ธอมป์สันกล่าวว่าเธอ “ครึ่งชีวิต” กล่าวเสริมว่า “ความรู้สึกใดก็ตามของการเป็น บุคคลอันเป็นที่รักหรือคู่ควรได้หมดสิ้นไปแล้ว” แต่เมื่อเธอพบและตกหลุมรักนักแสดง Greg Wise Thompson กล่าวว่าเขา”หยิบชิ้นส่วนและประกอบกลับเข้าด้วยกัน”
Thompson และ Wise พบกันขณะถ่ายทำ Sense and Sensibility ซึ่งเธอแสดงเป็น เอลินอร์ แดชวูด และเขารับบทเป็น จอห์น วิลละบี และต่อมาแต่งงานกันในปี 2546 ทอมป์สันบอกเดอะนิวยอร์กเกอร์ว่า “ฉันได้เรียนรู้เพิ่มเติมจากการแต่งงานครั้งที่สองของฉันเพียงแค่แต่งงาน อย่างที่แม่ของฉันพูด’ยี่สิบปีแรกนั้นยากที่สุด’”
